Sauf textes spécifiques (ex : utilisation d'eau de forage), la réglementation ne fixe pas la fréquence et la nature des prélèvements. Ceux-ci doivent être déterminés au sein de chaque établissement.
L'analyse des risques spécifiques (HACCP) permettra de le faire.

Certains Guides de Bonnes Pratiques Hygiène (GBPH), ou projet de guides de bonnes pratiques, donnent des préconisations de fréquence de prélèvement.
Rappelons que ces guides, introduits par la directive hygiène 93/43 et repris dans la réglementation européenne (dit "paquet hygiène"), sont d'application volontaire.

Néanmoins vous devez contrôler "la conformité des préparations ou des denrées utilisées aux critères microbiologiques lorsqu'ils existent" (ex : art 5 de l'arrêté du 29/09/97 pour les établissements de restauration à caractère social).

Les analyses, bactériologiques, chimiques seront confiées à un laboratoire partenaire (de préférence accrédité COFRAC pour le programme correspondant).

Analyses microbiologiques des denrées (de la matière première au produit fini)
Analyses microbiologiques des surfaces (permettent de valider la désinfection du matériel)
Analyses chimiques (résidus, généralement confiées à des laboratoires spécialisés)

Choix d'un laboratoire

De préférence, il faut s'assurer, avant de s'engager avec un laboratoire qu'il soit spécialisé sur ce type d'analyse et qu'il respecte les bonnes pratiques des laboratoires. Privilégiez un laboratoire accrédité COFRAC pour le programme "microbiologie alimentaire". Ces établissements utilisent des méthodes d'analyses officielles.
Les prélèvements doivent se faire dans des conditions non contaminantes (utilisation de gants jetables à usage unique et d'ustensiles désinfectés). L'échantillon prélevé doit être représentatif des produits servis aux clients. Dans certains cas il peut être nécessaire de demander un prélèvement dans des conditions "stériles".
Le transport s'effectue généralement dans des bacs isothermes mais aussi dans des bacs réfrigérants (frigo de voiture).

Fréquence de prélèvement :

 

Elle est non définie par la réglementation comme nous l'avons vu. 
Un seul échantillon par produit est analysé. Cela permet de vérifier la bonne efficacité des mesures prises durant la fabrication de ce produit.

Types d'analyse :

Nous avions l'habitude de se baser sur les critères définis dans l'arrêté du 21/12/79 qui fixait les types de germes à analyser et les critères à ne pas dépasser.
Ex pour les plats cuisinés et la pâtisserie :

Le règlement européen 2005/2073 a redéfini deux types de germes : les "critères de sécurité" (Listéria, Salmonelles...) et les "critères d'hygiène des procédés (Staphylocoques, E. Coli..).

D'autre part cet arrêté fixe des catégories d'aliments qui sont différentes de celles qui étaient définies dans l'ancien arrêté.

Un plus grande souplesse est attribuée au producteur pour la détermination des critères pertinents.

Une fois de plus, la nouvelle approche de la réglementation, avec une obligation de résultat est décidément plus souple, mais plus compliquée à mettre en place.

Elle est généralement faite par le laboratoire.

La réglementation européenne a supprimé l'interprétation selon un plan à 3 classes et l'on se retrouve avec une interprétation selon un plan à 2 classes:

    Inférieur aux critères définis : SATISFAISANT
    Supérieur aux critères définis ou Présence de salmonelle : NON SATISFAISANT

Analyse des surfaces :

Ces analyses peuvent être sous traitées à un laboratoire. Ils appliquent lors de leur passage des boîtes de "pétri" sur différentes surfaces. On utilise différents "milieux" correspondant au type de germe recherché (flore totale, coliformes...)

Vous pouvez aussi le traiter en interne avec différents systèmes proposés par des fournisseurs spécialisés (boîtes de pétri, chiffonnettes, films souples).
Veillez à faire les contrôles sur le matériel et les surfaces utilisés pour des produits sensibles.

Comme toute analyse microbiologique, l'inconvénient est le délai nécessaire entre le prélèvement et le résultat (2 à 3 jours pour le développement des colonies).

Attention certains tests présentés contrôlent la présence de molécules organiques (protéines, sucres) . Ils donnent un résultat très rapide mais sans lien direct avec la présence ou non de micro organismes.

Cependant, si des molécules organiques sont toujours présentes sur une surface, il est fort probable qu'il subsiste des micro organismes.

Par contre nous n'aurons aucune précision supplémentaire (quantité, type de germe...).